Цитата: Я изначально включила всю сумму в 3 Раздел, строка 180 и в 2 Раздел, строка 060 и сумма НДС получалась к возмещению.
К возмещению у Вас только в разделе 3. Т.е., без учета начисления раздела 2.
В принципе, Вы всё правильно заполняете.
Цитата: Однако при таком порядке заполнения и не выполнялось изначально контрольное соотношение 1.25, так как эта сумма агентского НДС включалась и в Раздел 8, и в Раздел 9.
Если соотношение такое, как Вы пишите, оно неправильное.
Поскольку возмещение получается только по разделу 3, а в книге продаж (раздел 9) есть ещё и начисление по разделу 2, как налогового агента.
Вот, если там не показывать счет-фактуру налогового агента, то соотношение сойдётся.
Хотя это противоречит Инструкции по заполнению декларации по НДС.
Цитата: Как правильно отразить эти 6 000 000 в Декларации по НДС?
Вы, похоже всё правильно отражаете.
Вы можете послать декларацию при предупреждении о несоответствии КС?
Вот и отправляйте...
Успехов!